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磷脂分子量約在500~900之間，是兩親性物質。分子中的酰基鏈部分構成疏水區，磷酸酯部分構成親水區，疏水性大于親水性。因此，磷脂在氯仿、甲醇等溶劑中溶解性較好，但在極性稍大些的溶劑中溶解性較低。一般來說，磷脂不溶解于丙酮，但是當酰基碳鏈碳原子數低于10時，磷脂可以溶解在丙酮中。磷脂一般在水中不溶解，會形成許多有序排列的液晶，該現象稱為多態現象，這些相的形成和多種因素有關，例如磷脂結構、濃度、溫度還有pH等。因此，利用磷脂在溶劑中的溶解性差異從磷脂混合物中分離單個磷脂很難實現。

多數高純度的磷脂沸點都很高，例如:磷脂酰乙醇胺(PE)大約是200 ℃66l，磷脂酰膽堿(PC)大約在230°℃，但是具有相同碳原子數的脂肪酸的熔點要低得多，例如硬脂酸的熔點為69.7℃，而硬脂酸鈉的熔點為300 C，磷脂的熔點與硬質酸鈉的熔點值比較接近，所以磷脂的高熔點值與脂肪經鏈的長短以及不飽和度沒有太大關系，而是與磷脂結構中基團之間的磷脂鍵有關，反映了磷脂的固態結構特性。

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