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在生物醫學研究中，Sulfo吲哚菁綠甲基四嗪常用于蛋白質、肽和核酸的標記與修飾。例如，通過與蛋白質上的伯胺反應，可以實現蛋白質的熒光標記，用于熒光顯微鏡成像和流式細胞儀檢測。此外，該試劑還可用于構建生物傳感器，通過與抗體或酶結合，實現對生物標志物或環境污染物的高靈敏度檢測。

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